Así comienza la temporada 2008/09. Entrenado por Javier Álvarez de los Mozos, el equipo queda en tercera posición del grupo VIII. En la temporada 2009/10, el Burgos CF ganó su séptimo título de campeón de Tercera División. En el play off de ascenso, es eliminado por el Sporting Mahonés en la segunda eliminatoria, después de haber apeado al conjunto vasco del Elgoibar en la primera.
